Проблема с Panel и аналогичными элементами управления, отличными от FlowLayoutPanel, заключается в том, что когда вы создаете второй элемент управления, второй создается в той же позиции, если вы не меняете его местоположение динамически или устанавливаете его в соответствии с другим уже добавленным элементом. управления. Ваш контроль есть, он находится позади первого элемента управления.
FlowLayoutPanel лучше, так как он добавляет элементы управления рядом друг с другом, когда вы добавляете их, в то же время подвергая риску более тонкий элемент управления при их позиционировании.