Я столкнулся с похожей ситуацией, когда плагин непреднамеренно обрабатывал двоичный файл (хорошо сочетающий txt и двоичные данные), что делало его непригодным для использования в конце.
Чтобы решить эту проблему, мне просто нужно было сделать фильтрацию немного более четкой в отношении того, какие типы файлов фильтровать и оставить все остальные без изменений, см. Ниже:
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-resources-plugin</artifactId>
<version>2.6</version>
<executions>
<execution>
<id>filter-config-files</id>
<phase>prepare-package</phase>
<goals>
<goal>copy-resources</goal>
</goals>
<configuration><outputDirectory>${project.build.directory}/config-filtered</outputDirectory>
<resources>
<resource>
<directory>${project.build.directory}/nar/${project.name}-${project.version}-noarch</directory>
<!-- enabling filetering ONLY on these file types -->
<filtering>true</filtering>
<includes>
<include>**/*.xml</include>
<include>**/*.sh</include>
</includes>
</resource>
<resource>
<directory>${project.build.directory}/nar/${project.name}-${project.version}-noarch</directory>
<!-- now excluding filtering on ALL OTHER file types but still including them in the archive -->
<filtering>false</filtering>
<includes>
<include>**/*</include>
</includes>
</resource>
</resources>
</configuration>
</execution>
</executions>
</plugin>