Вы можете использовать строковые операции :
>>> import numpy as np
>>> x = np.array([['a.','cd'],['ef','g.']])
>>> x[np.char.find(x, '.') > -1]
array(['a.', 'g.'],
dtype='|S2')
РЕДАКТИРОВАТЬ: Согласно запросу в комментариях ... Если вы хотите узнать индексыгде целевое условие истинно, используйте numpy.where :
>>> np.where(np.char.find(x, '.') > -1)
(array([0, 1]), array([0, 1]))
или
>>> zip(*np.where(np.char.find(x, '.') > -1))
[(0, 0), (1, 1)]