Эта ошибка создает впечатление, что запятая не любит запускаться с использованием shell_exec (аналогично тому, как sudo / ssh предупреждает о необходимости tyy при запуске с shell_exec) ::
gpg: gpg-agent is not available in this session
Что происходит, если вызапустить его непосредственно из командной строки?
Кроме того, убедитесь, что вы не в безопасном режиме:
shell_exec () (функциональный эквивалент backticks) Эта функция отключена, когда PHP работаетв безопасном режиме.
Проверьте с помощью phpinfo ()
убедитесь, что функция не отключена:
$ grep 'disable_functions' /etc/php.ini
Редактировать:
Кроме того, попробуйте с помощью putenv указать GNUPGHOME на папку .gnupg.
Возможно, скрипт php запускается как httpdпользователь и gpg ожидают пользователя 'user' для вашего сайта.