У меня есть эта проблема. К сожалению, это невозможно, поскольку при развертывании пакета в модуле Builder настраиваемая папка перезаписывается, и это именно то место, где должен находиться файл logic_hook.
Даже тот факт, что для этого manifest.php install_def есть параметр с именем "logic_hooks", он все равно не работает, когда вы хотите добавить элемент logic_hook, являющийся частью развертываемого пакета (Да, это очень раздражает ).
Я писал об этом на сахарном форуме, вы можете увидеть более подробную информацию @: http://www.sugarcrm.com/forums/f6/module-builder-deploy-deletes-my-logic_hook-php-76402/