Здесь сказано, что по умолчанию цвет фона белый, поэтому кажется, что он его не получает: http://www.imagemagick.org/script/command-line-options.php#background
Возможно, вам нужно установить канал на 'RGBA', возможно, по умолчанию это RGB, однакокажется, что фон должен быть правильного цвета, если так.Как это делают многие примеры заливки: http://www.imagemagick.org/Usage/masking/#floodfill
Вот вывод объекта:
['class', 'delattr', 'dict', 'doc', 'eq', 'format', 'ge', 'getattribute', 'gt', 'hash', 'init', 'instance_size', 'le', 'lt', 'module', 'ne', 'new', 'reduce', 'reduce_ex', 'repr', 'setattr', 'sizeof', 'str', 'subclasshook', 'weakref', 'adaptiveThreshold', 'addNoise', 'adjoin', 'affineTransform', 'animationDelay', 'animationIterations', 'annotate', 'antiAlias', 'attribute', 'backgroundColor', 'backgroundTexture', 'baseColumns', 'baseFilename', 'baseRows', 'blur', 'border', 'borderColor', 'boundingBox', 'boxColor', 'cacheThreshold', 'channel', 'channelDepth', 'charcoal', 'chop', 'chromaBluePrimary', 'chromaGreenPrimary', 'chromaRedPrimary', 'chromaWhitePoint', 'classType', 'clipMask', 'colorFuzz', 'colorMap', 'colorMapSize', 'colorSpace', 'colorize', 'columns', 'comment', 'compare', 'compose', 'composite', 'compressType', 'contrast', 'convolve', 'crop', 'cycleColormap', 'debug', 'defineSet', 'defineValue', 'density', 'depth', 'despeckle', 'directory', 'display', 'draw', 'edge', 'emboss', 'endian', 'enhance', 'equalize', 'erase', 'fileName', 'fileSize', 'fillColor', 'fillPattern', 'fillRule', 'filterType', 'flip', 'floodFillColor', 'floodFillOpacity', 'floodFillTexture', 'flop', 'font', 'fontPointsize', 'fontTypeMetrics', 'format', 'frame', 'gamma', 'gaussianBlur', 'geometry', 'gifDisposeMethod', 'iccColorProfile', 'implode', 'interlaceType', 'iptcProfile', 'isValid', 'label', 'lineWidth', 'magick', 'magnify', 'map', 'matte', 'matteColor', 'matteFloodfill', 'meanErrorPerPixel', 'medianFilter', 'minify', 'modifyImage', 'modulate', 'modulusDepth', 'monochrome', 'montageGeometry', 'negate', 'normalize', 'normalizedMaxError', 'normalizedMeanError', 'oilPaint', 'opacity', 'opaque', 'page', 'penColor', 'penTexture', 'ping', 'pixelColor', 'process', 'profile', 'quality', 'quantize', 'quantizeColorSpace', 'quantizeColors', 'quantizeDither', 'quantizeTreeDepth', 'raise', 'read', 'readPixels', 'reduceNoise', 'registerId', 'renderingIntent', 'resolutionUnits', 'roll', 'rotate', 'rows', 'sample', 'scale', 'scene', 'segment', 'shade', 'sharpen', 'shave', 'shear', 'signature', 'size', 'solarize', 'spread', 'statistics', 'stegano', 'stereo', 'strokeAntiAlias', 'strokeColor', 'strokeDashOffset', 'strokeLineCap', 'strokeLineJoin', 'strokeMiterLimit', 'strokePattern', 'strokeWidth', 'subImage', 'subRange', 'swirl', 'syncPixels', 'textEncoding', 'texture', 'threshold', 'throwImageException', 'tileName', 'totalColors', 'transform', 'transformOrigin', 'transformReset', 'transformRotation', 'transformScale', 'transformSkewX', 'transformSkewY', 'transparent', 'trim', 'type', 'unregisterId', 'unsharpmask', 'verbose', 'view', 'wave', 'write', 'writePixels', 'x11Display', 'xResolution', 'yResolution', 'zoom']
Здесь: Документы и примеры PythonMagick ,Вы можете увидеть канал там.