Да, вы должны хранить файл в файловой системе и местоположение файла в базе данных.По моему опыту, коннекторы базы данных очень плохо работают с большими кусками двоичных данных в базе данных.
Вы должны хранить всю мета-информацию, необходимую вам, в базе данных, чтобы вам не нужно было полагаться на ОС дляничего, кроме хранения необработанных байтов.