В итоге мы использовали сборки .NET из проекта IKVM.net , которые содержат реализацию библиотек классов Java.
Таким образом, мы могли легко использовать Java javax.xml.crypto.dsig классы (которые включают поддержку преобразований XPath Filter 2.0) из .NET.Вроде хорошо работает.