Как заявил Ромен и предполагая, что вы действительно работаете с ориентированным графом, вы можете сгруппировать узлы, назначив номер каждому узлу в ваших данных.
var nodes = [
{"name":"node1","group":"2"},
{"name":"node2","group":"4"},
{"name":"node3","group":"5"}]
Проверьте этот пример: https://jsfiddle.net/4xt5v51m/