Если это общие автономные библиотеки, не привязанные к какому-либо конкретному этапу цикла запроса (контроллер, модель, представление), поместите их в app/libs/.Вы можете импортировать их, используя App::import('Lib', 'Foo').
Лично у меня есть две или три удобные функции массива, которые я всегда использую, определенные в bootstrap.php, что является еще одним местом для размещения небольшого количества глобальногопрочее.