Фактически нет никакой разницы между слиянием из репозитория, из которого вы клонировали, и слиянием из ветки в вашем собственном репозитории.Важно то, как разошлись ветви (или репозитории).
Из вашего вопроса неясно, что представляет собой рассматриваемый контент - вы говорите «медленно расходящиеся».
Если оригинал начинает содержатьто, что вам не нужно в вашем новом хранилище, тогда объединение - плохая идея.
Если, с другой стороны, все, что вы делаете с исходным , должно распространяться на новое, то непременно сливаться.(Но я предполагаю, что вы никогда не захотите объединяться в другом направлении.)
Наконец, если эти репозитории представляют два проекта на основе общего шаблона, и вы хотите внести изменения в этот шаблон иразделите их между двумя, лучше всего сделать третий репозиторий, который является только шаблоном, и объединить его с каждым из двух, но никогда непосредственно между двумя.