Я не совсем уверен, что вы спрашиваете, но вот как сказать FlashBuilder, что вы хотите, чтобы модуль был собран:
Щелкните правой кнопкой мыши проект Flash, выберите «Свойства», затем выберите «Модули Flex». Нажмите «Добавить», и вы сможете перейти к своему модулю.