В принципе, ваш рабочий процесс в порядке.
Во-первых, я бы посоветовал вам убедиться, что вы проверяете все пользовательские данные, прежде чем использовать их дальше.
Во-вторых, хранение частей макета в переменной может вызвать проблемы, когда дизайн должен измениться. Организовать файлы шаблонов для чего-либо подобного лучше и сэкономит вам много времени в будущем.
Далее, как будто у вас есть код здесь, вы, похоже, вынуждены выгружать html на свои страницы. Если вы хотите только проверить состояние входа в систему, то, я думаю, вам следует попытаться очистить больше выходных инструкций, которые у вас есть, оставив их в файлах php, которые будут включать этот.
Таким образом, для чего-то более сложного вы не сможете полностью разделить логику входа в систему в один файл и включить ее без компромиссов.
Надеюсь, я понял ваш вопрос, и я не оффтоп :) :)