Это зависит от логики, реализованной в ваших контроллерах.Обычно JSP контроллеры являются частью уровня представления, бизнес-логика находится на бизнес-уровне, а уровень персистентности - это, в основном, база данных.Это называется трехуровневым приложением.
Логика в контроллерах должна заботиться только о том, как данные представляются пользователю, и не должна выполнять никаких операций над самими данными.Тогда у вас будет чистый слой представления.
Нет проблем с наличием всей бизнес-логики на стороне веб-сервиса.На самом деле я бы сказал, что это довольно часто.