это на самом деле не так уж сложно. Вы можете самостоятельно подписать апплет, и тогда он сможет читать / писать в / из локальной файловой системы вне ограничений песочницы. взгляните на ссылку ниже. он покажет вам, как подписать ваш апплет с помощью инструмента keytool, и пример фактически выполняет чтение / запись в файловую систему. не нужно гадить о файлах политики и тому подобное.
Обратите внимание, что, как упоминалось @aioobe, пользователю будет предложено принять сертификат.