Вы хотите убедиться, что вы захватываете как stdout, так и stderr.Например, если команды запускаются из оболочки, похожей на bash:
your_command> your_file.log 2> & 1
Порядок двух шагов перенаправления важен, вы должны сначалаотправьте stdout в your_file.log, вторая часть отправит stderr в stdout.
Если это не сработает, вам может пригодиться немного больше информации об окружающей среде, например, какая оболочка вы используете.