Программы py2exe и 2to3 служат совершенно различным целям, поэтому я не уверен, какова ваша конечная цель.
Если вы хотите собрать исполняемый файл из работающей программы Python, используйте версию py2exe, которая подходит для любого Python (версия 2 или версия 3).
Если вы хотите преобразовать существующую программу Python 2 в Python 3, используйте 2to3 плюс любое дополнительное редактирование по мере необходимости. Документация Python 3 описывает процесс преобразования более подробно .
Обновление : Теперь я понимаю, что вы, возможно, пытались запустить 2to3 против самого py2exe, чтобы попытаться создать версию, совместимую с Python 3. К сожалению, это определенно выходит за пределы возможностей 2to3. Вам, вероятно, придется подождать, пока проект py2exe не выпустит версию, совместимую с Python 3.