Это очень хороший вопрос. zfproject.xml
часто не синхронизируется при использовании Zend Tool и ручного создания файлов.
Есть ли способ (кроме ручного) обновить этот файл?
Я не знаю хорошего ответа для этой части. Вы можете попробовать повторить структуру каталогов приложения.
Нужно ли обновлять zfproject.xml, чтобы правильно запустить проект, или это просто организованная схема проекта?
Это просто схема, которая не анализируется в течение обычного срока службы приложения. Используется только инструментами.