Это происходит, когда сайт рассматривается как подпапка другого приложения, а не приложение ASP.NET само по себе.
Если вы просто поместите его в wwwroot, вам нужно щелкнуть правой кнопкой мыши папку, которую выдобавили в IIS не Проводник и выберите «Преобразовать в приложение».
Или щелкните правой кнопкой мыши «Сайты» и добавьте новый сайт, указывающий на эту папку, или в разделе «Веб-сайт по умолчанию» выберите «Добавить приложение ...» и укажите на папку.
Когда вы это сделаете,есть «Пул приложений» для выбора.Убедитесь, что вы выбрали ту, которая имеет версию .NET, для которой было создано приложение. Если ASP.NET 1.x - 3.5 вы выбираете ASP.NET 2.0, то для .NET 4.0 вы выбираете 4.0.