Одним из решений было бы разбить CSS-файл вашего сайта на несколько файлов:
A) с общими настройками сайта и форума,
B) другие с настройками, которые должны использоваться только сайтом, а не форумом.
А потом в форум включаются только те. Наоборот, форум использует некоторые таблицы стилей, которых нет на сайте. Вот как я использую его на своем сайте с интегрированным форумом phpbb3.
Другое решение - более сложное и, вероятно, не очень хорошее (и забавное) - состоит в том, чтобы определить, какие вещи вам не нравятся, когда их переносят с вашего сайта на ваш форум, и изменить CSS форума.