Я помню, у меня была похожая проблема с разъемом богомола mylyn. Я не помню, где именно была запись, но я думаю, что где-то в папке метаданных вашего рабочего пространства был файл опций для этого конкретного плагина. Может быть, что-то подобное существует для вашей проблемы.
В системе Windows я уже нашел параметры затмения в папке приложения домашнего каталога пользователей. Не уверен, хотя, как это делается в Ubuntu ... это было давно.
В худшем случае вы можете просто установить другой экземпляр Eclipse и посмотреть, работает ли он. Хотя если файл конфигурации, отвечающий за эту проблему, находится не в папке eclipse, у вас все равно будет та же проблема.
По крайней мере, у вас будет подсказка о том, где она находится - папка затмения, рабочая область или настройки системы в домашней папке.
Привет и удачи!