Надеюсь, я правильно понял вашу проблему:)
Не думаю, что вам нужна вторая / третья / ... ObservableCollection.Расширьте модель представления свойством SpecialVisibility (имя зависит от вас) типа System.Windows.Visibility.Затем привяжите это свойство к свойству Visibility вашего шаблона данных.
<ItemsControl.ItemTemplate>
<DataTemplate>
<YourControl Visibility="{Binding Path=SpecialVisibility}" />
</DataTemplate>
</ItemsControl.ItemTemplate>
Этим «особым» элементам (т. Е. Элементам, которые не следует отображать) просто нужно, чтобы для SpecialVisibility было установлено значение System.Windows.Visibility.Свернуто.
Конечно, это не решение вашей проблемы синхронизации многих ObservableCollections.Тем не менее, я думаю, что это может решить вашу проблему.Если вы не можете использовать событие CollectionChanged, возможно, вы захотите реструктурировать свой код.