Зависит от того, какой тип расширения вы делаете. Если вы делаете замену для существующей страницы Chrome, ну, это будет полная замена (http://code.google.com/chrome/extensions/override.html). Если это всплывающее окно на любой странице (http://code.google.com/chrome/extensions/pageAction.html) или в браузере (http://code.google.com/chrome/extensions/browserAction.html) действие), то снова у вас будет нет конфликтов, потому что весь ваш код изолирован для себя.
Единственный раз, когда я могу думать о том, что вы столкнетесь с проблемой, это если вы используете скрипты контента (http://code.google.com/chrome/extensions/content_scripts.html), или фактически внедряете свой код на страницу другими способами. Тогда, да, могут быть конфликты, так как Теперь браузер запускает ваш код вместе с кодом веб-сайтов. В зависимости от того, что вам нужно сделать, вы можете попробовать внедрить ваш код в виде iframe, но это также предотвратит его взаимодействие с указанной веб-страницей.
<iframe src="yourPageUrl" height="iframeHeight" width="iframeWidth" style="border:none;"></iframe>
Так что, не зная, какова цель вашего расширения, было бы трудно точно знать, как помочь.