Из того, что я видел, rubyzip иногда странным образом обрабатывает zip-файлы, потому что выполняет свою собственную обработку индекса и записей zip-файлов. Например, если вы используете rubyzip, чтобы распаковать файл docx и перепаковать его, Microsoft Word не откроет его. Но zipruby использует очень стандартную библиотеку libzip C (с небольшими изменениями) и не будет портить docx. Поэтому, если вы стремитесь к совместимости форматов, я бы предложил использовать zipruby. Может, rubyzip улучшился с тех пор, как я попробовал, но вы должны попробовать это сами.