Многие серверы сегодня поддерживают горячее развертывание, когда вы развертываете приложение поверх запущенного.Для этого, конечно, все еще нужна функциональность для извлечения приложения из любого места.
По крайней мере, в JBoss 4 (и я думаю, что оно также доступно в 5), вы можете указать сканеру развертывания просматривать несколько каталогов, поэтомуможет отслеживать, например, общий диск, и когда вы положите туда приложение, оно увидит его и заберет.