Я не уверен, что это когда-либо работало, но имейте в виду, что в Mule 3.x фокус сместился с использования моделей (т.е. потоки и шаблоны конфигурации не учитывают потоки).
В Mule 3.x то, что вы хотите сделать, было бы лучше достигнуто, если бы ваша конфигурация была разделена на несколько приложений, а отдельные приложения Mule работали независимо друг от друга.
В Mule 2.x одним из вариантов будет анализ вашего MBeans запущенного экземпляра: вы должны найти MBeans, представляющий вашу модель, а затем найти MBeans для служб в этой модели. Оттуда вы сможете запускать / останавливать службы.