Цвет текстового курсора при вводе в IE всегда является инверсией цвета фона. Так что вы не можете на IE.
W3C также не определяет это, поэтому не ожидайте, что поддержка будет где-либо, если она есть, то это просто артефакт: -)
Редактировать: 9 лет спустя, и теперь у нас есть caret-color
, но не для IE или Edge. Работает в других браузерах.