Хорошо, я делал это не совсем правильно.Что мне действительно нужно было:
for(File file : rtfTemplateList){
try {
fileInputStream = new FileInputStream(file);
byte[] byteArray = new byte[(int) file.length()];
fileInputStream.read(byteArray);
ByteArrayInputStream byteArrayInputStream = new ByteArrayInputStream(byteArray);
etc...
Что я нашел после записи того, что я хотел сделать, так это действительно получить byteArrayInputStream для передачи стороннему генератору программного обеспечения для создания объединенного файла RTF.Таким образом, использование файла в цикле for было правильным, но тогда мне просто нужно было получить поток после этого.
Надеюсь, это кому-нибудь поможет.