Вы можете разделить код Google Analytics на две части:
тот, который идет вверху страницы:
<script type="text/javascript">
var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." :"http://www.");
document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));
</script>
<script type="text/javascript">
try {
var pageTracker = _gat._getTracker("#########");
} catch(err) {}
</script>
, а другой перед тегом "end body"
<script>
pageTracker._trackPageview();
</script>
И вызов метода pageTracker._trackPageview (); в ajaxComplete обратном вызове всплывающего окна.