Вы не можете выполнить поток ввода, это просто набор байтов, а не файл.
Вы должны сохранить этот файл где-нибудь в вашем проекте (например, в папке ресурсов) и использовать путь для открытия файла. Вот как это будет выглядеть:
File file = new File("resources/my-file.txt");
String[] command = { "notepad.exe", file.getAbsolutePath() };
Runtime.getRuntime().exec( command );