SQLite - это база данных, предоставляющая то преимущество, которое вам нужно получить из базы данных. Shared Preference может хранить некоторые значения в виде string, long, int, boolean ... Вы можете использовать это, если вам нужно сохранить некоторые неструктурированные данные на самом деле не имеет отношения друг к другу. С другой стороны, файл имеет свои традиционные особенности. Я думаю, что это зависит от того, какие данные вы хотите сохранить и для какой цели, а также от того, каковы отношения между вашими данными. Вы должны выбрать в соответствии с ваша ситуация и потребности.