Если фрагмент правильно сформирован, большинство реализаций DOM, которые я видел, также будут поддерживать нестандартный тип узла DocumentFragment, который позволяет вставлять узлы dom из строки.
РЕДАКТИРОВАТЬ: быстрый поиск Google выдаетнекоторые JavaDocs: http://download.oracle.com/javase/1.4.2/docs/api/org/w3c/dom/DocumentFragment.html IIRC API работает следующим образом (псевдокод):
parent = find_parent_node_of_fragment(document);
fragment = document.createDocumentFragment();
fragment.appendXML("<my>xmlstring</my>");
parent.appendChild(fragment);
Если у вас нет такой роскоши или если ваша строка плохо сформирована, есть возможностьinject CDATA.
Если вы не можете обойтись инъекцией CDATA (потому что вы, по сути, хотите повлиять на последующие узлы, например, новый узел должен стать родителем старых узлов, которые будут включены в новый документ), вы можете попробовать преобразование XSLT.