Установите пустую рамку на панели содержимого, где SIZE
- это количество отступов, которое вы хотите.
JFrame frame = new JFrame();
JPanel panel = new JPanel(null);
panel.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(SIZE,SIZE,SIZE,SIZE);
frame.setContentPane(panel);
//The rest
Аргументы - для верхнего, левого, нижнего и правого отступов, так что если вы хотите разные отступына каждом ребре, вы можете установить его соответственно.