Предполагается, что вы создаете свое изображение с помощью функции imagecreatetruecolor и что вы выводите изображение в виде файла PNG ....
Вам необходимо вызвать следующие методы, чтобы указать, что изображение должно быть сгенерировано как 24-битный PNG перед вызовом imagepng:
imagesavealpha($im, true);
Обратите внимание, что Internet Explorer 6 не поддерживает 24-битные файлы PNG без использования фильтра CSS, применяемого к тегу img.