Попробуйте, вы можете использовать директиву apache
location
для принудительной установки корня каталога
<VirtualHost *:80>
ServerName example.com
ServerAlias www.example.com
DocumentRoot /var/www/dir1
<VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
ServerName *.example.com
DocumentRoot /var/www/dir2
<VirtualHost>
Помните, что первый VirtualHost
имеет приоритет.*