gnuplot может только выводить данные формата столбца, насколько я знаю. Тем не менее, вам придется построить его после транспонирования ваших данных следующим образом:
x 0.000000 y 0.500000 x 0.120000 y 0.100000 ...
x1 0.040000 y1 0.700000 x1 0.080000 y1 0.740000 ...
и plot data us 1:2, data us 3:4, data us 5:6
.
Чтобы транспонировать данные, вы можете либо изменить программу для ее записи таким образом, либо использовать следующий скрипт awk:
awk '{for (i=1;i<=NF;i++) arr[NR,i]=$i;} END{for (i=1;i<=NF;i=i+2) {for (j=1;j<=NR;j++) {printf "%f %f ",arr[j,i],arr[j,i+1]} print ""}}' datafile