Думаю, это дело вкуса и того, как вы генерируете данные.
Случай 1:
x1 y1 z(t1) z(t2) z(t3) ....
x2 y2 z(t1) z(t2) z(t3) ....
...
Случай 2:
x1 y1 z(t1)
x2 y2 z(t1)
...
x1 y1 z(t2)
x2 y2 z(t2)
...
Для случая 1 файл данных был бы более компактным по сравнению со случаем 2, потому что вы не указываете одинаковые x и y несколько раз.
Случай построения графика 1:
splot 'myData.dat' u 1:2:3 , '' u 1:2:4, '' u 1:2:5
или
splot for [i=3:5] 'myData.dat' u 1:2:i
Случай построения графика 2: (если вы разделяете ровно 1 пустой строкой). Отметьте help every
splot 'myData.dat' u 1:2:3 every :::0::0, '' u 1:2:3 every :::1::1, '' u 1:2:3 every :::2::2
или
splot for [i=0:2] 'myData.dat' u 1:2:3 every :::i::i
Вариант построения 2: (если вы разделяете 2 (или более) пустыми строками). Проверьте help index
.
splot 'myData.dat' u 1:2:3 index 0, '' u 1:2:3 index 1, '' u 1:2:3 index 2
или
splot for [i=0:2] 'myData.dat' u 1:2:3 index i