Я не знаю о других, но для себя я предпочитаю использовать префиксы, чтобы помочь сортировать вещи, по существу, заменяя подкаталоги.Например, все мои макеты активности начинаются с 'activity_', а все мои элементы управления пользовательским интерфейсом начинаются с 'control_', уведомления с 'messages_' и т. Д.
Затем у меня остается плоский каталог с хотя бы некоторой структурой, что-то вроде:
activity_graph.xml
activity_main.xml
activity_map.xml
control_graph.xml
control_title_bar.xml
tification_just_label.xml
messages_with_progress_bar.xml
...
Это не идеально, но у меня работает.