Интересный вопрос. Я не знаю, как вы наверняка узнаете ответ (если не считать экспериментов). Я подозреваю, что фактическая частота дискретизации записи вполне может составлять 44,1 кГц (или 48 кГц), и тогда Windows будет делать SRC, и в этом случае фильтр нижних частот почти наверняка будет применен. Если сама звуковая карта сэмплирует на частоте 8 кГц, можно надеяться, что аппаратное обеспечение выполнит фильтр нижних частот заранее.
Короче говоря, не беспокойтесь о внедрении фильтра нижних частот, если у вас нет проблем с наложением артефактов.