Eclipse создает путь к классам на основе так называемого «пути сборки» и вызывает JVM с аргументом -cp.JVM игнорирует переменную CLASSPATH env, если ей передана явная аргумент -cp jvm, поэтому настройка пути к классам Windows игнорируется.
Решение: правильно установите путь сборки проекта, т.е.добавьте туда свои банки.