Проект Джонатана Роквея - это легкий пакет управления проектами, обладающий такой функциональностью. Вам нужно будет сделать некоторые настройки, чтобы определить файлы в вашем проекте. После этого вы можете использовать M-x eproject-todo, чтобы найти все TODO и FIXME.
Он также имеет реализации find-file и switch-buffer, которые ограничивают выбор элементов в проекте.