Для этого вам не понадобится служба Windows. Запланированное задание сделало бы это хорошо. Просто запустите taskschd.msc и создайте новое задание.
В зависимости от того, что вы используете для БД, другим вариантом для вас может быть задача обслуживания БД. Это легко сделать в SQL Server, многие другие базы данных уровня предприятия могут сделать это тоже.