Иди с муравьем. Если честно, это лучшее решение для автоматизации процесса сборки приложений.
Я не часто использую Eclipse. Но держу пари, что должен быть файл сборки (build.xml), в который вы можете добавить что-то вроде приведенного ниже кода и всегда выполнять его при сборке приложения.
Вот как я делаю это в своем файле сборки для одного из моих проектов. Я копирую здесь две папки со всем их содержимым в dist (который в NetBeans служит в качестве папки распространения, где создается jar приложения), поэтому я могу легко запускать свое приложение извне вне IDE.
Помните, что имя цели в Eclipse может отличаться. Но вы должны найти правильный, описанный в файле сборки, вероятно.
<!-- to copy data & images folders' contents to dist folder on build. -->
<target name="-post-jar" description="Copying Images">
<property name="images.dir" value="${dist.dir}/images" />
<property name="data.dir" value="${dist.dir}/data" />
<copy todir="${images.dir}">
<fileset dir="./images" />
</copy>
<echo level="info" message="Images folder content was copied."/>
<copy todir="${data.dir}">
<fileset dir="./data" />
</copy>
<echo level="info" message="Data folder content was copied."/>
</target>
Всего наилучшего, Боро.