... есть ли двухмерный массив в Java ... - Да
// T is the type of your data.
List<ArrayList<T>> list = new ArrayList<ArrayList<T>>();
UPDATE
Чтобы использовать данные из ArrayList
в JList
, вам необходимо преобразовать их в массив объектов. Например:
JList jlist = new JList(list.toArray());