Вы можете использовать:
del Path_to_tmpdir\tmpdir
start "sunday_progam" Path_to_tomcat\tomcat.exe
Вы пишете обе эти команды в пакетном файле (обычный текст .txt, затем Сохранить как -> имя_файла .bat ), а затем помещаете этот файл в папку автозагрузки (Пуск -> Программы -> Автозагрузка). )
Программа должна автоматически закрыться после завершения удаления tmpdir.