Вы можете сделать это с помощью мастеров шаблонов. Я думаю, что вы уже знаете, как это реализовать.
Итак, внутри метода RunFinished напишите эти строки:
var destFolder = Directory.GetParent(path).Parent;
System.IO.Directory.CreateDirectory(destFolder.FullName + "\\.nuget");
((Solution2) _dte.Solution).AddSolutionFolder(destFolder.FullName + "\\.nuget");
Для класса Solution2 вы должны ссылаться на EnvDTE80.dll.
_dte должен быть установлен из метода RunStarted.
private DTE _dte;
public void RunStarted(object automationObject, Dictionary<string, string> replacementsDictionary, WizardRunKind runKind, object[] customParams)
{
_dte = (DTE)automationObject;
}