Если вы имеете в виду, что вы добавили один и тот же файл дважды в архив tar, скорее всего, вы сможете восстановить его: tar никогда не перезаписывает, он добавляется. А при извлечении он извлекает оба, что может привести к перезаписи.
Если вы имеете в виду, что вы извлекли файл из архива tar и переписали другой в процессе, к сожалению, ваш единственный шанс - резервное копирование. Возможно, Time Machine установлена на вашем Mac или вы используете SCM для своих задач разработчика.