Это зависит от задачи, которую вы выполняете. Маллет также является популярным инструментом, и у Weka, и у Маллета есть свои плюсы и минусы.
Для тривиальных задач оба просты в использовании. Я обычно предпочитаю Weka для задач кластеризации и классификации.
Примечание: не вводите в заблуждение популярность Weka в сообщениях на форуме, это связано главным образом с тем, что он используется в течение более длительного периода времени, а Маллет является новым по сравнению с Weka.