Вы запускаете свои алгоритмы и код в сторонней системе, которой вы не владеете или не контролируете. Для некоторых организаций это серьезная угроза безопасности. Для других это приемлемый риск, особенно с учетом мер безопасности и сертификатов, полученных для центра обработки данных и обслуживания Amazon EC2.
Короче говоря, это полностью зависит от вашего аппетита к риску и любого законодательства, которое может применяться в вашей отрасли по использованию данных. Вы можете прочитать больше о проблемах облачной безопасности здесь: http://blog.labslice.com/2010/09/is-cloud-insecure_2947.html