Вы должны определить свою сферу лучше. Как предположил @Brijeesh, существуют сторонние библиотеки, такие как EPPLus, а также NPOI для чтения файлов. Но речь идет не о чтении файлов, а о каком-то «сравнении», в котором у вас есть идея, как вы хотите, чтобы это произошло.
Этот вопрос слишком широкий, чтобы на него можно было ответить в одной теме.
- Являются ли таблицы в известном формате?
- Вы хотите проверить только определенные листы / столбцы?
- Вы упомянули, что хотите увидеть, какие столбцы были переставлены, это подразумевает знание того, в каком порядке они были в первую очередь. Опять же - это электронная таблица в известном формате?
Вы должны начать отвечать на эти вопросы и сократить объем того, что вы пытаетесь сделать, в управляемые задачи.
EDIT:
У VSTO есть свои преимущества и недостатки (у пользователя должен быть установлен Excel). Сторонние библиотеки также имеют свои взлеты и падения. Какой метод вы должны использовать для доступа к электронным таблицам, не было вопросом в этой теме.
Опять же - сосредоточьтесь на одном. Что вы хотите сравнить, и как вы хотите это сделать? Тогда вы можете беспокоиться о том, какую библиотеку вам следует использовать. Хотя - когда вы будете готовы задать этот вопрос, откройте отдельный вопрос, чтобы сообщения могли оставаться в теме.